Quando nel Settembre 1999, veniva dato l’annuncio del trasferimento di don Marco Bove (Vicario parrocchiale della Comunità parrocchiale dei santi Giovanni e Paolo), si diffondeva immediatamente un senso di sconcerto nelle famiglie e nei collaboratori dell’Oratorio.
Le possibili soluzioni non sembravano avere una concreta fattibilità per molteplici motivi: sia la mancanza di fondi adeguati per poter stipendiare un “animatore laico d’Oratorio”, sia l’impossibilità di avere un sacerdote a solo tempo parziale dedicato alla cura delle molteplici attività settimanali dell’Oratorio.
Nell’autunno del 2000, durante la Visita pastorale al Decanato di Affori, nel colloquio con l’allora parroco don Enrico Magnani, il card. Carlo Maria Martini suggeriva la possibilità di affidare la vita dell’Oratorio e la guida della Pastorale giovanile ad una Ausiliaria Diocesana (“sono delle Consacrate, e la loro presenza potrebbe non solo essere guida per i giovani, ma anche una testimonianza di vita religiosa in una Parrocchia che non ha mai vissuto questa esperienza”).
La prima possibilità, quella di avere una Ausiliaria “distaccata” dalla Comunità allora presente alla Bovisasca (s. Filippo Neri) non sembrò mai avere concreta possibilità di attuazione.
Dopo le Cresime dell’anno 2004, presiedute dall’allora Vicario Generale mons. Giovanni Giudici, nel dialogo dopo la celebrazione tra lui, il parroco e alcuni genitori, si avviò formalmente la richiesta di avere una Comunità residente in parrocchia.
Con la morte di don Antonio Boggi, e la conseguente possibilità di fornire alla Comunità delle Ausiliarie un alloggio adeguato, fu possibile avere la presenza delle Ausiliarie in Parrocchia.
Nel settembre del 2008 si aprì la Comunità delle Ausiliarie Diocesane in Santi Giovanni e Paolo con la presenza di 3 sorelle. Le Ausiliarie sono donne consacrate a Dio nel sevizio alla Chiesa diocesana e al suo pastore: riconoscono nella Chiesa ambrosiana la fonte della loro spiritualità e la via di un’autentica santità (cfr. Sinodo 47, n. 458 § 3).
Attualmente nella comunità sono presenti 3 sorelle: due con servizio pastorale sulla parrocchia di Bruzzano e una che svolge servizi legati alla pastorale familiare.